新疆第二医学院是一所以医学类为主，理学、管理学等多学科协调发展的自治区直属全日制普通本科高校。学院前身是新疆医科大学厚博学院，创办于2003年，为全日制普通本科独立学院。2012年，经自治区人民政府批准，新疆医科大学与克拉玛依市采取合作办学的方式共同建设厚博学院。2015年9月，厚博学院整体迁至克拉玛依市。2021年1月，国家教育部批准厚博学院转设为新疆第二医学院。
学院先后与自治区人民医院等多家附属医院签约挂牌，签约临床教学实习基地52家，其中三级甲等医院30家、国家级住培基地14家、自治区级住培基地8家，基本覆盖南北疆所有地州，构建了“附属医院+教学医院+实习医院+教学基地”的实践教学基地体系，推动形成了“以教学带动医疗、以医疗反哺教学、以科研提升实力”的良好发展格局。
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